Dank der wichtigen Vorarbeiten des Erlanger Psychoanalytikers und Medizinhistorikers Hans-Ludwig Siemen ist bisher bekannt, dass in den Jahren 1940/41 insgesamt 908 Erlanger Anstaltspatientinnen und Patienten im Rahmen der "Aktion T4" in die Tötungsanstalten Hartheim bei Linz und Pirna-Sonnenstein deportiert und dort vergast wurden.
Unbekannt ist bislang, wie viele Patienten und Patientinnen der Erlangen Anstalt der bis Kriegsende andauernden systematischen Mangelversorgung ("Hungerkost") zum Opfer fielen. Als sehr wahrscheinlich kann gelten, dass über 1.000 behinderte und psychisch kranke Menschen verhungerten bzw. an durch Hunger hervorgerufenen Mangelerkrankungen starben.