Im August 1941 wurde die "Aktion T4" auf Anweisung Hitlers gestoppt. Grund dafür war die zunehmend schwieriger werdende Geheimhaltung und die steigende Unruhe in der Bevölkerung, vor allem nachdem der Münsteraner Bischof Clemens August Graf von Galen in einer Predigt am 3. und 10. August 1941 die "Vernichtung lebensunwerten Lebens" durch die Nationalsozialisten öffentlich als Mord angeprangert hatte. Damit endeten die nationalsozialistischen Krankenmorde aber nicht. Es folgte eine zweite, dezentral organisierte Phase der "Euthanasie".
Diese begann in Bayern offiziell mit einer Konferenz der bayerischen Anstaltsdirektoren im Münchener Innenministerium am 17. November 1942. Dort wurde die Idee der Einführung einer "Sonderkost" für arbeitsunfähige Anstaltspatientinnen und -patienten vom Direktor der Anstalt Kaufbeuren, Valentin Faltlhauser, vorgestellt und erläutert. Kurz darauf fand in Erlangen ein Treffen der Direktoren der mittelfränkischen Heil- und Pflegeanstalten Erlangen, Ansbach und Kutzenberg zur Besprechung dieser "Hungerkost" statt. Mit dem bayerischen "Hungerkosterlass" vom 30. November 1942 wurde dann offiziell angeordnet, arbeitsfähige Kranke, Kinder, bei denen eine Bildung nach Ansicht der Ärzte noch möglich war, sowie Patientinnen und Patienten, die an Alterserscheinungen litten oder kriegsbeschädigt waren, auf Kosten der arbeitsunfähigen Patientinnen und Patienten besser zu verpflegen. Nicht arbeitsfähige Kranke sollten ab diesem Zeitpunkt auch in der Heil- und Pflegeanstalt Erlangen die sogenannte "B-Kost" erhalten.
Die Forschung geht gegenwärtig davon aus, dass es in Erlangen mindestens zwei Hungerstationen gab, auf welchen man Patientinnen und Patienten absichtlich verhungern ließ. Die schlechte Versorgung der Kranken und die katastrophale Unterbringung führten in der Regel zu Entkräftung, Krankheiten wie Lungenentzündung und letztlich zum Tod. Auch im Zusammenhang mit der "Hungerkost" kam es zu Verlegungen von Patientinnen und Patienten aus anderen Anstalten sowie aus der Universitäts-Psychiatrie in die Anstalt. So ist ein weiterer Transport aus Gremsdorf bekannt, welcher erst nach dem siebten T4-Transport, nämlich am 30. Juni 1941, in Erlangen eintraf. Die 103 verlegten Männer fielen zwar nicht mehr der "Aktion T4" zum Opfer, allerdings starben über 60 % von ihnen in den Jahren bis 1945 in der Anstalt, wobei sich gehäufte Hinweise auf Todesfälle durch Mangelernährung oder Vernachlässigung in den Akten finden lassen.
Wie viele Menschen genau der "Hungerkost" in Erlangen zum Opfer gefallen sind, wird gegenwärtig im Rahmen des Forschungsprojekts zur NS-"Euthanasie" in Erlangen untersucht. Man geht aber davon aus, dass schätzungsweise mindestens 1000 Patientinnen und Patienten an den Folgen von mangelhafter Ernährung und struktureller Vernachlässigung in der Anstalt verstorben sind. Gesichert ist in diesem Kontext ein deutlicher Anstieg der Sterblichkeitsrate vom sieben Prozent im Jahr 1941 auf 21,5 Prozent im Jahr 1945.
